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systems biology

138 Arbeiten

Computational modeling of hormone- and cytokine-dependent proliferation of endometrial cells in 3D co-culture

Diese Studie entwickelt und kalibriert ein kombiniertes ODE- und PDE-Modell, um die hormon- und zytokinabhängige Proliferation und das Überleben von Endometriumzellen in 3D-Kokulturen zu simulieren, um so die komplexen Wechselwirkungen zwischen epithelialen und stromalen Zellen sowie die Homogenität der Molekülexposition in physiologischen und pathologischen Zuständen quantitativ zu analysieren.

Mbuguiro, W., Holt, S. E., Griffith, L. G. + 2 more2026-03-18📄 systems biology

TRAILBLAZER: generative multicellular perturbation model of biology

Die Studie stellt TRAILBLAZER vor, ein skalierbares generatives Modell, das durch die Kombination von Multizellulär-Transformern, einem hypersphärischen latenten Raum und einem zählbewussten Decoder patientenspezifische, mehrzellige Reaktionen auf Interventionen präzise vorhersagt und dabei die biologische Kontextabhängigkeit sowie die Generalisierungsfähigkeit auf neue Bedingungen sicherstellt.

Grzybowski, A. T., Nener, J., Selvamani, P. + 2 more2026-03-18📄 systems biology

Dissecting the Network Architecture of a Plant Circadian Clock Model: Identifying Key Regulatory Mechanisms and Essential Interactions

In dieser Studie wurde ein verbessertes mathematisches Modell des pflanzlichen circadianen Rhythmus entwickelt, das durch eine umfassende computergestützte Analyse die zentrale Rolle von Transkriptionsrepression, Proteinabbau und lichtregulierter Synthese für die Stabilität und Hierarchie des Netzwerks aufzeigt.

Singh, S. K., Srivastava, A.2026-03-18📄 systems biology

Canonical Analysis of Fluorescent Timer-Anchored Transcriptomes Resolves Joint Temporal and Developmental Progression

Die Studie stellt das Framework mCanonicalTockySeq vor, das durch die Kombination von Einzelzell-Transkriptomik mit einem experimentell verankerten molekularen Uhrsystem (Nr4a3-Tocky) die gemeinsame Rekonstruktion von zeitlicher Progression und entwicklungsbiologischer Differenzierung ermöglicht und somit vergleichende Analysen zwischen Maus und Mensch unterstützt.

Irie, N., Reda, O., Satou, Y. + 1 more2026-03-18📄 systems biology

GeNETop: Context-Specific Genome-Scale Constrained Models Using Network Topology, Flux Variability, and Transcriptomics

Die Studie stellt GeNETop vor, eine Methode zur Erstellung kontextspezifischer genomweiter Stoffwechselmodelle, die durch die Integration von Netzwerk-Topologie, Flux-Variabilitätsanalyse und Transkriptomdaten dynamisch kompatible Modelle für *Saccharomyces cerevisiae* erzeugt und so die Grenzen bestehender Ansätze für zeitabhängige Simulationen überwindet.

Troitino-Jordedo, D., Mansouri, A., Minebois, R. + 3 more2026-03-18📄 systems biology

Interpretable machine learning meets systems biology to decode genotype-phenotype maps

Die Studie stellt ein interpretierbares maschinelles Lernframework vor, das durch die Entkopplung von Linkage-Disequilibrium und die Integration mit systembiologischen Modellen kausale Gene und molekulare Mechanismen in Hefe aufdeckt und so quantitative Genotyp-Phänotyp-Beziehungen in mechanistische biologische Erkenntnisse übersetzt.

Reguna Madhan, R. L., Balaji, R., Sinha, H. + 1 more2026-03-18📄 systems biology

A Multiscale Computational Architecture to Study Signaling Dynamics at Cell-Cell Interfaces

Diese Studie entwickelt ein mehrskaliges Rechenframework, das makroskopische Interaktomik, atomare Strukturinformationen und mesoskopische stochastische Modellierung integriert, um zu zeigen, wie strukturelle Interaktionsregeln und räumliche Einschränkungen an Zell-Zell-Grenzen die Clusterbildung von FGFR1-Rezeptoren steuern und dadurch die interzelluläre Signalübertragung regulieren.

Wu, Y.2026-03-18📄 systems biology

A stress-function tradeoff organizes epithelial heterogeneity across spatial scales in the human thyroid

Diese Studie nutzt räumliche Transkriptomik, um in der menschlichen Schilddrüse eine grundlegende Trade-off-Beziehung zwischen einem aktiven Hormon-produzierenden Zustand und einem stressinduzierten Schadensantwort-Zustand der Thyreozyten aufzudecken, welche die zelluläre Heterogenität über verschiedene räumliche Skalen hinweg organisiert.

Korem Kohanim, Y., Barkai, T., Novoselsky, R. + 18 more2026-03-16📄 systems biology

The Female Biomarker Challenge: Sex-Specific Network Robustness Constrains Biological Age Estimation and Geroscience Trial Design

Die Studie zeigt, dass geschlechtsspezifische Unterschiede in der physiologischen Netzwerkkonstanz zu einer geringeren Sensitivität weiblicher biologischer Altersschätzer führen, was ältere Männer als ideale Kohorte für kosteneffiziente Geroscience-Studien begünstigt und die dringende Entwicklung geschlechtsspezifischer Biomarker-Panels für Frauen erfordert.

Harding, A. S., Coward, J., Tian, T.2026-03-16📄 systems biology

Mathematical Modelling of the Mitochondrial Dicarboxylate Carrier (SLC25A10)

Diese Studie präsentiert das erste mechanistisch hergeleitete und thermodynamisch konsistente mathematische Modell des mitochondrialen Dicarboxylat-Transports (SLC25A10) auf Basis eines Ping-Pong-Mechanismus, das mittels Bayes'scher Inferenz kalibriert wurde, um die Substrataustauschdynamik, den Einfluss der Mitochondrienmorphologie sowie die Rolle des Transporters bei der Succinat-Regulation unter SDH-Mangel zu quantifizieren.

Nashebi, R., Lyu, Y., Vera-Sigüenza, E. + 2 more2026-03-13📄 systems biology